Il trattamento delle acque reflue si rende necessario perchè non è possibile reimmettere in ambiente acqua carica di patogeni.
Indipendentemente dalla sua fonte è necessario che l'acqua reimmessa in ambiente abbia dei livelli di patogeni che rientrino in determinati livelli.
Se ciò non accade è necessario intervenire con una fase di disinfezione tale da riportare i livelli al valore consentito.